九十年前的高雄被稱為打狗，除了苓雅寮、三塊厝、旗后等少數幾個聚落外，多數區域都還是一片海灘或鹽埕；當時最熱鬧處是現今的旗津，行政機構「打狗支廳」設於哨船頭，一至晚上大家就聚集到旗后消閒玩樂，這是當時高雄的概況。
澎湖人士率先渡海遷居到高雄市的，就是首屆澎湖廳民會會長陳光燦的父親陳溪泰及其親屬數人，定居於旗后平和町。後來才有大嶼、八罩居民，陸續來往，載來牲畜，換購糧食雜物回鄉。及民國之初，築港次第開工，敷設鐵道、開闢市區，日人淺野亦在高雄創立水泥廠，到處大興土木，因之急需大量技工及勞務者；當時澎人乘機渡海湧入高市，參加建設，但本地人對澎湖人甚不友好，動輒謾罵，澎湖人不堪受辱，常奮起抵抗而發生糾紛，鬧到警所。事件一多，日警亦誤會澎人強悍好鬥，每次必先鞭打後才問是非；澎人受此委屈，無處可訴，憤憤不平，故當時有識之士，逐擬議組織「澎湖廳民會」，以資團結、造成力量，實行自衛。
民國十六年以前，澎湖人在高雄之惡劣情勢確如上述。幸當時有位漢學者林介仁在臺南設帳授徒，知道澎湖人處境艱難，欲退休還鄉之前，特在報上為文激勵，並親來高雄，假陳金榜之醬油廠，召集鄭綿、陳江力、吳前、曾趁等一百多人，籌組澎湖廳民會，公推鄭綿為籌備委員長。 民國十六年九月十六日 成立總會，同年 十月十四日 舉行發會式，公推陳光燦為會長，並分庄各選出副會長一名、監事若干名，初未有理事制，後來始有，並聘請相談役（顧問）、委員、評議等多人。
澎湖廳民會成立後，一反過去，凝聚為澎湖人在高雄的強大力量，會務也分成數部，分頭展開活動，朝氣蓬勃、有聲有色。起初日人誤會本會有政治色彩，經會長說明保證始得放心，不久遂有建築會館之議，眾志成城，竟於民國十八年大廈落成，位於本市鹽埕區瀨南街，萬年大計於焉告成。
以上是本會創立至台灣光復的一段簡史。
民國廿六年起，中日關係日趨惡化，終於引發第二次世界大戰，澎湖廳民會的活動也因之停止；至民國三十四年八月，日本宣佈投降，臺灣光復，始再復興。但在八年抗戰中，高雄市飽受盟機轟炸，為害甚烈，會館也不能例外。民國三十五年七月間，秩序稍為恢復，疏散鄉親陸續歸來，當時有蔡欲修、許秋粽、許清榮、陳江力、曾趁等多人，出來奔走復興廳民會；終於是年七月間，集合了二百多位鄉親舉行大會，依照政府新規定，改稱為高雄市澎湖同鄉會；同時因為原會長陳光燦以年邁為由宣佈退休，故另行選舉出第一屆理事長陳玉波。
當時會館因於戰亂中受損，內外破爛不堪，屋頂變成露天，卻無基金以資整修，故由曾趁及幾位熱情同鄉合力組織獅陣，表演募款，始把會館略為修好；後來卻被軍眷佔住，開會時必須借用鹽埕國校為會場，且會費無著，未能僱用人員，理事長得兼辦事員及差役維持會務，其困苦情形雖然如此，但理監事並不灰心，熱烈推展會務。
不幸的是民國三十六年發生二二八事變，幾日之間漫及全省，風聲鶴唳、草木皆兵，有部份野心家趁亂佔用本會會館，並且派人把守，理事長及曾趁前往交涉時幾被槍擊，不得已前往市政府欲向主管申訴交涉，正當其時，要塞國軍打下山來，直衝市府，理事長與曾趁拼命奔逃避往前金；在這事件中，彼等兩人為護會館之安全，險招不測。
民國三十七年十二月辦理改選，第二屆理事長由陳玉波連任。本屆任期內，除經常會務外，是年由海南島死裡逃生返回台灣的鄉親三十多人，在高雄得到本會溫暖照護，始得安全回家；同年又有故鄉新兵來台入營，路過高雄市，同鄉會發起歡迎大會，並遊行市街，汽車四十多輛參加，是晚復在新高雄酒家盛大招宴，參加者二百多人，歡迎之熱烈震驚全市，充分表現澎湖人之精誠團結，使市民又羨又妒。
第二屆任期未滿，理事長陳玉波被調離高雄往任屏東電力公司經理，因此進行部份改選，由林澄增接任理事長。民國四十年，陳玉波回高雄任副議長，是年三月改選第三屆理監事，陳氏再度當選理事長。
第三屆理監事改選前，因認為會館被人佔住甚為可惜，故於是次大會通過決議把會館改建為金城戲院，轉型生利物產，以建立本會經濟基礎；同時決議委由理事長陳玉波負責向軍方接洽，請飭軍眷搬遷，當時適理事長為本市議會副議長，較易洽商，故不負所託達成願望。誰料不久又有某機關要佔為辦公本部，經商請謝市長掙強協助爭取始得幸免。
起先本擬由本會直接經營戲院，籲請會員各出一百元，但乏人反應，後來改採出資方式，向鄉親有力者勸募數拾萬元，實行改建；資產仍歸同鄉會所有，但約以十年為期，獲利歸出資者以收回成本；金城每月另付同鄉會會費，先由壹仟元後至參仟元。奈前半期經營伊始，無利可獲，後半期改由出資者參與經營，才多少有獲利收益，然出資者難免吃虧，且其中又有人提早讓渡權益予同鄉會，又有將最後應得獲利獻與同鄉會者，對同鄉會裨益不少。假若當時沒有改築金城，穩固本會收入來源，則無今日之堂皇會館，其他如獎學金、救濟等其他會務之推行亦不可能如此順利。
民國四十二年改選第四屆理監事（包含故鄉鄉鎮人士），陳玉波連任理事長。第四屆期間除經常會務外，於民國四十二年十二月救濟第三海盛況輪罹難鄉親家族貳仟元、四十三年捐贈澎湖救濟院壹仟元、同年一月奉獻文武聖廟貳仟元。
民國四十四年改選第五屆理監事，改選結果仍由陳玉波續任理事長。第五屆期間除辦理例行會務外，並致力整理會員名冊，使之正確。
民國四十六年改選第六屆理監事，理事長續由陳玉波當選。該屆除經常會務外，為培養會員子弟英文基礎，聘請黃朝熊為講師，設立英文補習班；並創作了本會青年進行曲、舉辦鄉友運動大會、協助勸募澎湖縣創建校舍經費等。
民國四十八年辦理第七屆理監事改選，陳玉波連任理事長。本屆除辦理例會務外，為加強連繫，贈送中堂予當選本市第七屆里長者三十九名、舉辦敬老會及獎賞模範國民、獎賞優秀學生、會員福利增加摸彩一項。
民國五十一年改選第八屆理監事，初次選舉，陳玉波仍被選為理事長，但陳氏為讓位予後起之秀，謙不就職，遂作第二次投票，由鳥蒮漸X任理事長。第八屆除經常會務外，並收回金城戲院管理經營、公開招租，每月租金遂提高為 38,000 元。五十二年救濟大新沉輪罹難鄉親、新興區興昌巷火災鄉親罹難者十五戶，同年幫忙故鄉軍人回鄉；五十三年救濟故鄉旱災伍仟元、救濟鼓山火災鄉親四戶，充份表現同鄉愛。期間另建立了例行性貧病義診制度，加強救濟貧困病患之會員及鄉友。為順利會務起見，又新聘顧問、評議委員、會產管理委員並改聘部份鄉鎮村里委員。本屆積存金增為 771,527.67 元。
民國五十四年改選第九屆理監事，結果由陳萬主當選理事長。本屆除經常會務外，又擴建了金城戲院及本會辦公廳並裝設冷氣，使內外煥然一新，成為旅高鄉親之精神堡壘。另外，為了配合會務發展，修改章程、訂立辦事細則、開支均照制度，又依照高雄市行政區域編制會籍、完成會員代表制、聘請行政區委員、編纂會史、退還長壽會福利金、舉行創會四十週年慶典，另爭取民航班機繼續航行臺澎線成央F期間金城租金增加為每月 61,100 元。本屆除付改建會館經費 150 餘萬元外，尚積存 766,646.53 元。
民國五十七年改選第十屆理監事，陳萬主連任理事長。本屆除經常會務外，積極向黨政有關單位爭取提名鄉賢為公職候選人，並由本會分別辦理輔選工作。又本會所屬金城戲院出租釧s屏鄉友之租期三年屆滿，重行辦理招標結果，望安鄉友顏自熊以每月租金加上特別會費新台幣 81,661 元得標。
民國六十年改選第十一屆理監事，洪福緣當選接任理事長。本屆除經常會務外，為鼓勵同鄉鍛鍊心身及聯誼計，特舉辦會員運動大會；又因金城戲院出租期滿，重行辦理招標結果，鄉友張高瑞以每月租金及特別會費新台幣 156,661 元承租。
民國六十三年改選第十二屆理監事，結果由唐傳宗當選理事長。本屆期間除經常會務外，另購置土地兩筆：座落在苓雅區林德官段一○七九號（即中正二路二十二號）約一九三．八三坪為第二會館建地。本會所屬金城戲院租與張高瑞鄉友之租期屆滿，重新辦理招標結果，湖西鄉呂仲夏以每月租金及特別會費新台幣 566,662 元得標，承租合營。
民國六十六年改選第十三屆理監事，謝掙強當選理事長，但旋於六十八年三月中逝世。同年，高雄市改制升格為直轄市，本會亦隨之改制。民國六十八年四月辦理補選（改制院轄市第一屆），由陳天樂接任理事長。本屆除經常會務外，為鼓勵鄉親鍛鍊心身、促進聯誼，特舉辦運動大會，並輔選鄉親競選中央公職人員。金城戲院租期屆滿時重新辦理招標，結果由鄉友楊永瑞以每月租金及特別會費新台幣 436,600 元合營。
民國六十九年改選改制後第二屆理監事，由陳江章當選理事長。本屆期間成立了鄉親服務中心積極服務鄉親，並購買海邊路四十二號羅馬大廈三樓作為新會館；金城戲院租期屆滿重新辦理招標，於七十一年十二月十五日與 林森雄 先生訂立合營契約，經營期限三年，每月責任利益金貳拾參萬元整。
民國七十二年改選改制後第三屆理監事，新任理事長許嘉生就任後，於民國七十四年四月二十三日辭職，重新補選後由常務理事黃清誥當選繼任。本屆除經常會務外，為增進鄉誼成立了旅台澎湖同鄉會聯誼會，並招商合作建造中正二路二十二號會館；輔選鄉親競選第二屆市議員，均順利當選。至於本會所屬金城戲院租期屆滿後，原承租人林森雄因受電影業景氣不佳影響而退租，本會改租與 林麗月 女士合營，每月租金及特別費新台幣玖萬元整。
民國七十五年六月二十九日 改選改制後第四屆理監事，黃清誥當選理事長。除經常會務外，中正會館新廈於七十七年十二月落成竣工，仍本屆最值得欣賀的大事。中正會館落成後，一樓於七十八年二月租與商富實業有限公司，每月租貳拾壹萬伍仟元；二樓租與國泰人壽保險公司，全年租金貳百壹拾萬元；三樓租與今德豐有限公司，每月租金壹拾捌萬元。
民國七十八年七月十六日 改選改制後第五屆理監事，由吳正陵出任理事長。本屆除經常會務外，並改以電腦執行會務管理；金城戲院轉租予 林加坤 先生經營，每月責任利益金壹拾萬元整，中正會館地下室每月租金參萬元，一樓每月租金貳拾參萬伍仟元，二、三樓每月租金壹拾陸萬元整。
民國八十二年一月三十一日 改選改制後第六屆理監事，莊吉雄當選理事長。本屆期間因金城戲院屋架塌陷，於 三月十六日 將會址遷往羅馬會館， 五月五日 建立區域委員制，同時成立國營事業澎籍員工聯誼委員會，並舉行掛牌儀武。興建六十六年之久的金城會館，因 林加坤 先生違約經營，以致營業執照被吊銷，第六屆第一次臨時會員代表大會決議興訟：訴訟案經高等法院庭諭和解，由合營人賠償本會壹佰貳拾伍萬元達成和解。為飲水思源故，於八十二年十一月二十六日返故鄉天后宮取聖火， 十一月二十七日 聖火遊行全市並為澎籍民意代表造勢， 十一月二十八日 為響應全民運動，透過運動競技促進鄉誼、強化鄉親身心健康為目的，特舉辦八十二年度民俗運動大會。
民國八十五年二月二十五日 改選改制後第七屆理監事，選舉結果由翁萬基當選理事長。八十五年十一月初傳出台電公司徵選核廢料掩埋場時，望安鄉長及代表會主席未經鄉民同意，竟逕自表示同意台電在東吉島設核廢場，因而引起澎湖各界反核聲浪；本會除聲援縣議會反對在東吉島設核廢場聲明， 十一月二十四日 更假霖園大飯店召開記者會，說明核廢料的危害性，呼籲旅台鄉親共同阻止核廢料場設置，堅持愛鄉護土決心。 十二月十四日 又發動旅台各團體及高屏兩地民意代表組隊遊行，並在中山體育場發起「反核」連署簽名。望安鄉東吉島設置核廢場一事，在全體「澎湖人」反對聲浪中凝聚共識，望安鄉長終於順民意，於 十二月十七日 去函台電，請求撤回參加低放射性廢料最終處置場址徵選同意書，反核訴求於焉圓滿成功。
民國八十八年三月二十一日 改選改制後第八屆理監事，莊吉雄回任理事長。 民國九十年五月十三日 假中山體育場舉辦團結鄉親運動大會，藉運動促進鄉誼；澎湖故鄉遭颱風重創，捐贈救災款新台幣貳拾萬元整。本會租賃收入因受景氣低迷影響，收支失衡漸呈赤字， 九十年十二月三十一日 總幹事辭職後，會務工作僅剩一員獨撐，全體理監事鼎力分擔兼代，並出力出錢、力求節約、共渡難關、共體時艱。
民國九十一年三月二十三日 改選改制後第九屆理監事，莊吉雄連任理事長。九十二年七月十日澎湖縣議會辦理國內考察活動，蒞臨本會拜訪。九十四年元月一日本會假國立科學工藝博物館舉辦澎湖鄉親“金雞報喜賀新春”聯歡晚會，全省旅台澎湖同鄉會各友會全力贊助，與會鄉親逾萬人，盛況空前。
民國九十四年三月二十六日本會舉行會員代表大會，改選改制後第十屆理監事，由陳漢昇當選接任理事長。 九十四年四月九日，本會榮譽理事長 莊吉雄 先生以關懷鄉親、促進團結、共謀會員福利為宗旨，成立「高雄市西瀛跨海關懷同心會」，致力服務故鄉，推行社會公益慈善工作。 九十四年六月七日，理事長陳漢昇議員率全體理監事暨委員返鄉展開尋根之旅，拜會各地方機關，至澎湖老人之家慰問，並參加澎湖縣政府舉辦之龍舟競賽，傳承優良民俗、連繫故鄉情誼。九十五年五月六日～七日，承辦旅台澎湖同鄉會第二十五屆全國聯誼會，在本會同仁精心規劃下，賓主盡歡、圓滿成功。
歷經各縣市友會長期籌備後，「台灣澎湖同鄉總會」終於 民國九十五年十二月二日 創會，第一屆理事長重任由本會榮譽理事長 莊吉雄 先生擔任。
民國九十七年三月三十日本會舉行第十一屆第一次會員代表大會，改選改制後第十一屆理監事，選舉結果由莊金福當選理事長， 五月二日 正式交接上任。九十七年六月六～十日，理事長莊金福率全體理監事暨委員返鄉省親，參加澎湖縣政府舉辦之龍舟競賽後，前往拜會各地方機關，並捐款予老人之家。
民國九十九年底高雄縣、市區域合併。
民國一ＯＯ年三月改制後第十二屆理事長由莊金福鄉賢繼任，整合完成高雄縣、市澎湖同鄉會合併。
民國一Ｏ四年三月高雄縣市合併第一屆理事長由莊吉雄鄉賢擔任。
民國一Ｏ八年三月高雄縣市合併第二屆理事長由莊吉雄鄉賢擔任。
民國一一二年四月高雄縣市合併第三屆理事長由莊敏治鄉賢擔任。